棚室内土壤利用率一直很高，一些地方的复种指数已经达到200%。由于复种指数的提高，重茬、迎茬现象也相对提高，因而导致病虫害发生日趋严重。辣椒疫霉根腐病、茄子黄萎病、瓜类根结线虫等土传病害在棚室较为严重，常带来严重的减产，另外，常年的重茬引起土壤环境恶化，自毒作用明显，严重抑制了下茬蔬菜的生长。土壤消毒，就是防治这些土传病虫害及重茬危害的较好方法。
（一）合理选择土壤消毒剂
市场上有各种形态的土壤消毒剂，如气体剂型的溴甲烷，颗粒剂型的棉隆、石灰氮，液体剂型的威百亩、1，3-二氯丙烯、氯化苦等。菜农应根据自己棚室的具体情况选用合理的土壤消毒剂。
◎拱棚与大棚选择土壤消毒剂有区别，拱棚面积较大，且单位面积的蔬菜种植效益较大棚低，可选择相对便宜的土壤消毒剂。同时，拱棚歇茬期相对较短，应考虑选择消毒时间短的消毒剂。而大棚效益相对较高，歇茬期较长，要根据病虫害防治重点、土质等条件来选择。
◎根据病虫害防治重点选择土壤消毒剂，种植辣椒、茄子等棚室及种植大姜的地块，土壤消毒的瓜、黄瓜的棚室，根结线虫是菜农***的问题，土壤消毒的主要目的是杀灭土壤中的根结主要目的是杀灭土壤中引起辣椒根腐病、茄子黄萎病、姜瘟病等的土传病害；种植丝瓜、苦线虫。氯化苦虽然对病菌杀灭效果优异，但对根结线虫杀灭效果较差，且毒性较大，操作要求严格，而1，3-二氯丙烯则对根结线虫有较好的杀灭效果，两者可配合施用。溴甲烷对土传病害有良好的杀灭效果，但到2015年就将被禁用，作为其替代产品，棉隆性高、效果好，但成本也较高。威百亩、石灰氮价格相对便宜，也能取得不错的消毒效果。
（二）科学施用土壤消毒剂
1）施用土壤消毒剂前精细整地
在蔬菜拔园后，立即将植株运到硼外，放在远离棚室的地方，集中销毁。在施用土壤消毒剂前，先进行深翻（约30cm），再用旋耕机旋地，使土壤颗粒细小而均匀，这样在一定程度上能充分发挥土壤消毒剂的效果。
2）保持适宜的土壤湿度
消毒时土壤湿度应保持在60%-70%（湿度以手捏成团、1米高落地能散开为标准），湿度达不到60%，需提前浇地。浇地后3-4天，各种病原菌及根结线虫对药剂处于敏感状态，更容易被土壤消毒剂杀灭。
3）正确覆盖塑料薄膜
施用土壤消毒剂后覆盖的塑料薄膜不能太薄，用无透明或厚度在0.04mm以上的塑料薄膜。塑料薄膜四边要压好，以防止漏气而降低消毒效果。从旋耕到覆膜尽量在2-3小时完成。
4）保持一定的覆膜时间
施药后覆膜时间长短依温度而定，温度在30℃以上时，覆盖7-12天；温度在15℃-30℃时，覆盖12-15天。当覆盖时间达到要求天数时，可揭去薄膜，按同一深度（30cm）进行松土，确保充分透气一周以上，药剂再进行定植。
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